Polecenie zapłaty określa jaka część (kwota) faktury powinna zostać opłacona w konkretnym dniu.
Dodanie nowego polecenia zapłaty odbywa się z poziomu strony z szczegółami danego kosztu. W celu otwarcia formularza dodawania nowego polecenia zapłaty należy:
- Otworzyć stronę z szczegółami interesującego nas kosztu.
- Kliknąć przycisk „Dodaj” w sekcji Polecenia zapłaty.
- W otwartym oknie formularza wypełnić wymagane pola.

Pola opisujące polecenie zapłaty:
- Kwota, to łączna wartość środków do przekazania kontrahentowi. Dopuszczalne waluty to: waluta dokumentu oraz waluta systemowa. Przykładowo gdy w systemie rozliczanym w złotówkach (najczęściej), dodamy fakturę w Euro, nie jest możliwym ustalenie polecenia zapłąty w Dolarach. Jeżeli do koszty przypisana była kaucja to kwota kaucji automatycznie pomniejszy kwotę do zapłaty.
- VAT (split payment): część kwoty przelewu stanowiącej podatek VAT. Wartość ta nie może przekraczać kwoty przelewu. Kwota VAT zawsze określona jest w złotówkach.
- Data, data na którą zaplanowana jest płatność.
- Konto bankowe, numer konta bankowego, na który ma zostać dokonana płatność. Pole dostępne jedynie dla dokumentów opłacanych przelewem.
- opcja Płatność wstrzymana, jej zaznaczenie spowoduje wyświetlenie komunikatu „płatność wstrzymana” w komentarzu w module Polecenia zapłaty.
- opcja Zmiana danych kontrahenta, jej zaznaczenie spowoduje wyświetlenie komunikatu „zmiana danych kontrahenta” w komentarzu w module Polecenia zapłaty.
- opcja Sporne, jej zaznaczenie spowoduje wyświetlenie komunikatu „sporne” w komentarzu w module Polecenia zapłaty.
- Komentarz, zostanie wyświetlony w kolumnie komentarz w module Polecenia zapłaty.